надання вузами методичної допомоги в розробці та впровадженні навчальних програм, варіативної частини навчального плану;
співавторство вчителів ліцею та науковців у написанні методичних посібників, проведенні олімпіад, конкурсів, змагань та інших видів позакласної роботи;
проведення системної профорієнтаційної роботи;
сприяння організації реклами освітніх послуг вищих навчальних закладів;
організація довузівської підготовки учнів ліцею;
вступ випускників Балаклійського ліцею до базових вищих навчальних закладів;
залучення науковців до викладання спецкурсів (основи генетики, основи біотехнології, історія української літератури, окремі розділи фізики, основи економіки і менеджменту);
надання допомоги учням при підготовці наукових робіт до МАН, здійснення наукового керівництва експериментальною роботою ліцеїстів;
використання ліцеїстами фондів вузівських бібліотек;
стажування окремих учителів на кафедрах вузів;
надання бази ліцею студентам для проходження практики.
На сьогоднійшній день Балаклійський ліцей має такі зв'язки з Вищими Навчальними Закладами:
Харківський Національний Аграрний Університет ім.В.В.Докучаєва
Харківський Національний Політехнічний Університет
Харківський Національний Автомобільно-Дорожний Університет
Харківський Національний Аерокосмічний Університет ім.М.Є.Жуковського
Харківська Академія Міського Господарства
Харківський Національний Технічний Університет Радіоелектроніки
Харківський Національний Університет ім. В.Н.Каразіна
Харківський Національний Педагогічний Університет ім.Г.С.Сковороди
